セキュリティは相対的なものなので、オンラインFAX（インターネットFAX）サービスを使うときは、いくつかの層に分けて考える必要があります。サービスそのものの仕組みや、各事業者の機能の違いを比べたうえで、使うかどうかを判断することになります。
送信と受信のどちらの利用でも、確認しておきたい点は次の3つです。
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オンラインFAXサービスの事業者は、FAXやメールを直接受け取る第三者です。 つまり、自分の送受信内容を不適切に扱わない事業者を選ぶ必要があります。多くの事業者にとっては、長く顧客に使ってもらうことが商売上の利益になるため、FAXの内容を勝手に利用する可能性は低いと考えられます。それでも、サービスを使うということは、その事業者を信頼するということを意味します。
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メール経由でのFAX送受信では、内容は通常のメールと同じようにインターネット上を流れます。 つまり、普通のメールと同じくらい盗聴される可能性があります。これを避けたい場合は、(1) 受信用に自分の公開鍵（デジタルID）をサーバーに登録できる事業者を選び、届いたFAXが暗号化された状態で転送される仕組みを使う、(2) 送信時に事業者の公開鍵でメールを暗号化してから送る、といった選択肢があります。
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送受信したFAXは、後から見返せるように事業者のサーバーに保存されることがあります。 ウェブ画面でFAXを確認できる仕組みは便利ですが、保存されている以上、その安全性は事業者のサーバーのセキュリティに左右されます。FAXを保存するか削除するかを利用者が選べる事業者なら、この点はコントロールできます（ただし、削除を選ぶとオンラインで後から確認することはできなくなります）。
いずれの場合でも、FAX自体は公衆電話網を通って届きます。FAXの安全性は、最終的には公衆電話網そのものの安全性に依存しているという点も合わせて理解しておくとよいでしょう。